2023年重返Le Mans 24小時耐久賽最高組別，Ferrari隨即靠著499P原型賽車奪下冠軍金盃。由於FIA與ACO規範參與LMH (Le Mans Hypercar) 等級賽事的比賽車必須源自於量產車，或者需要有一定數量的「道路版」或者「量產」車型，Ferrari決定以499P平台為基礎，打造499P Modificata，且因為量產車型不受FIA技術規範限制，將成為比利曼冠軍賽車更為強悍、消費者能買得到的當今最強法拉利。不過，也正因為過於強悍的關係，Ferrari特地推出專屬的賽道計畫，讓499P Modificata車主可以安心享受性能與駕馭。
儘管在F1賽事中已經「展望來年」失去奪冠可能，Ferrari在Le Mans 24小時耐久賽中可說是大放異彩，不但擊退來勢洶洶期望重返榮耀的Porsche，更打敗衛冕冠軍Toyota，拿下1973年之後Ferrari首座Le Mans 24小時耐久賽冠軍金盃。不過，因為替Ferrari奪冠的499P賽車參與LMH級別，賽事規範必須要有一定數量的道路版或者量產車型，Ferrari必須要讓499P變身成為市售車款，才能夠拿穩這座冠軍獎盃。
於是Ferrari運用499P賽車為基礎，推出限量生產，並且瞄準對於駕馭樂趣有「嚴格」要求高端買家的499P Modificata。但是，因為這輛車基本上算是解除一切「封印」的499P賽車，動力輸出與彎道速度都比賽事中的499P更為強悍，於是Ferrari特地推出「Sport Prototipi Clienti」計畫，與現有的XX Program，還有為退役F1賽車收藏家推出的F1 Clienti相同，都是圍繞著賽道，專為這些擁有非道路競技用車主提供安全感受駕馭樂趣的相關服務，無論是車輛保管、養護、物流運輸以及賽道協助等，都由Ferrari負責。
499P Modificata與499P賽車相同，動力系統都是以來自於296 GT3的120度夾角得3.0升V6雙渦輪增壓引擎為基礎，搭配272匹馬力輸出，整合差速器與ERS能源回收系統的前軸馬達、800V動力電池組以及7速序列式變速箱，可以繳出870匹最大馬力。不過，因為499P Modificata不受FIA與ACO的技術規則限制，Ferrari工程師針對動力系統重量進行最佳化，並且允許前軸電動馬達於低速狀態啟動 (499P前軸馬達190km/h以上才能啟動) ，進一步提供出色循跡性，提升彎道速度。
不僅如此，Ferrari還為499P Modificata提供Push to Pass一鍵超車加速器功能，透過方向盤後方的專屬按鈕，在油門全開狀態下，就可額外提供至多7秒的163匹動力輸出，以填補動力系統707匹「額定」輸出不足，達成870匹馬力最大輸出目標。同時，由於直接沿用499P的Hybrid動力架構，也引進線傳煞車系統，以及整合在前軸電動馬達內部的動能回收系統，可以在煞車過程中同時為動力電池組充電。
底盤設定同樣延續499P的碳纖維單體結構，亦保留推桿式懸吊設計，還有競技用的減震筒、彈簧以及防傾桿等設計。同時，因為沿用499P的賽車化設計，後方的引擎與變速箱還必須擔綱後軸懸吊固定座。同時，引進專屬的循跡控制系統與啟動程序，還與Pirelli共同開發499P Modificata專屬輪胎，規格為前310/710-18、後340-710-18，與499P賽車相同，都是18吋規格，但是橡膠配方不同，與499P相比，499P Modificata的專屬輪胎更容易達到工作溫度，讓車主能夠更快速地擁有最佳抓地力與路感回饋。
外觀設計則是延續了499P賽車，499P Modificata將當前Ferrari道路超跑的設計元素移植到競技車輛上，使用光滑的車身表面，搭配經過精密空力計算的曲面角度以及碳纖維翼板，還有各處需要的氣流開口，以在提升加壓力、減少阻力還有提升散熱效率等需求上取得平衡。甚至車頂上方的進氣口還精心刻劃多個小型孔道，以把氣流導往引擎、電池、變速箱等部件，確保激烈操駕時的耐用度。
也因為完整保留499P賽車的基礎設計，499P Modificata依舊是略為偏向左側的單座佈局，車內完整保留與利曼冠軍賽車相同配置，像是整合賽車儀錶，具備引擎輸出、踏板模式、煞車分配等多種模式調整按鈕的賽車方向盤，還有彙集系統斷電、引擎市面滅火器、雨刷、燈組等開關的中央面板，都與499P賽車完全一致，車主也需量身訂做專屬賽車座椅，等於能夠享受與利曼車手完全相同的駕駛分為。但是，因為不受FIA與ACO的規則限制，499P Modificata是一輛比利曼冠軍賽車更強悍，也是Ferrari非競技用賽道車款中性能表現最強悍的全新作品。
然而，由於499P Modificata並不符合道路用車規範，加上性能強勁的關係，Ferrari並不會讓499P Modificata前進一般街道，而是將自2024年起提供Sport Prototipi Clienti賽道計劃。與以往提供的XX Program以及F1 Clienti相同，由Ferrari集中管理、養護車輛，並且提供物流運送、賽道協助，甚至是數據分析等服務，讓車主只需要前往賽道，就能夠在國際級賽道中體驗愛車的性能以及駕馭樂趣。
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