為了要與嚴苛的賽事環境配合，Fabia RS Rally2同步強化懸吊系統結構，後軸亦因應植入四輪驅動系統關係位置稍向後移，且改為麥花臣式懸吊設計。同時，由於Rally賽事多半需要在非鋪裝路面上進行，工程師為Fabia RS Rally2換裝長度更長的減震筒，並將懸吊行程加長，且減少懸吊阻尼器摩擦係數，讓Fabia RS Rally2可以更適應越野路面。
Fabia RS Rally2的動力心臟則是以EA888引擎族的直列4缸渦輪增壓引擎為基礎，不過把排氣量下修到1,620c.c.，並重新設計進、排氣路徑，再針對引擎活塞、燃燒是、可變汽門正時、潤滑系統等進行最佳化，帶來更好的燃燒效率。同時重新設計渦輪、中冷器以及全新的引擎控制電腦，雖然賽例規定只能搭配32mm的限流器，還是可以為Fabia RS Rally2帶來289匹馬力、43.8公斤米扭力輸出。
與其搭配的則是5速序列式變速箱，雖然還是設計有機械式離合器，但只有靜止起步、低速行車與停車時需要用到，其餘時間都可以直接進、退檔，並採用低終傳比設定，讓Fabia RS Rally2在蜿蜒狹窄的山路中有更好的加速性，不過，Fabia RS Rally2的極速表現並不突出，大約落在200km/h左右。傳動形式也從量產車的前輪驅動改為全時四輪驅動，並整合有機械式後差鎖定裝置，以應對各種不同路面狀況。
除了空力、底盤與性能強化，Škoda還特別強調Fabia RS Rally2的安全性。為了確保意外發生時車艙的完整，Škoda Motorsport運用總長度達35.8公尺的鉻鉬合金鋼 (41xx鋼) 材質金屬管打造Fabia RS Rally2的環艙防滾籠，並且直接焊接在Fabia RS Rally2的MQB A0底盤上，確保嚴重撞擊時的車艙結構完整，同時還可帶來更出色的車體剛性。
