疫情改變了民眾搭車習慣，加上駕駛人力流失與退休潮，使得國道客運業面臨嚴峻挑戰。國光客運因不堪虧損，已決定停駛14條路線，包括8月31日調整的南部6條一般公路路線及9月8日停駛的8條國道南高屏路線。雖然旅客權益不受影響，但此舉反映出客運業的艱難處境。專家指出，疫情後運量僅恢復六成多，加上民眾偏好搭乘中短程路線，長途路線逐漸被台鐵或高鐵取代，使客運業者不得不做出停駛的決定。
國光客運總經理任季男表示，公司在8月31日將南部6條一般公路路線交給高雄客運與屏東客運共營，9月8日則有8條國道南高屏路線停駛，由統聯客運接駛。他強調這是公司整體經營的考量，雖然是沉重的決定，但能減少上億元以上的虧損，是必須走的途徑。任季男還提到，去年曾試著減班長途客運以減少虧損，但效果不佳，許多乘客對此感到惋惜，甚至情緒激動落淚。
消基會交通委員會召集人李克聰分析，客運業面臨困境的原因包括大環境不佳，從2019年開始國道客運運量就開始下降，疫情過後也僅恢復六成多。另一個虧損因素是財務問題，國光有一些轉投資事業可能造成財務吃緊。目前民眾主要願意搭乘的是台北至新竹或台北至台中等中短程路線，而台北到屏東等長途路線則多選擇台鐵或高鐵。
面對駕駛人力短缺問題，公路局運輸組副組長陳俊宏表示，目前提供徵才補助，包括駕訓費用、駕訓期間生活津貼及久任獎金，希望留住駕駛人才。公路局也有公路公共運輸計畫，提供業者進行軟硬體升級。儘管如此，國光客運駕駛人數從巔峰時期的1300至1400人降至現在的900人左右，即使祭出任用獎金及介紹獎金，加上政府協助，成效仍然有限。
國道客運面臨營運困境，以國光機場線為例，白天一輛車可能只有3至5位客人，夜間時段卻可能滿座。疫情後許多國道客運重啟夜車，但國光客運營運趨於保守，沒有全面恢復夜車，可能也限縮了民眾的選擇。李克聰指出，國道客運原本優勢在於路線多元，可及性高，但隨著軌道運輸加強轉乘接駁，競爭力逐漸下滑。學者建議TPASS定期票可先納入中短程路線增加競爭力，之後再考量納入長程路線，才能與軌道運輸相互競爭。
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